Changeset 181

Show
Ignore:
Timestamp:
10/03/10 19:17:12 (20 months ago)
Author:
mauro
Message:

fix test

Location:
plone4bio.base/trunk/src/plone4bio/base
Files:
3 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • plone4bio.base/trunk/src/plone4bio/base/README.txt

    r167 r181  
    3232    'ferritin' 
    3333    >>> ferritin = getattr(self.portal, u'ferritin') 
    34  
    35 The Sequence objects are simple Zope 3-like persistent content items, so we  
    36 will configure the project using theirs properties. 
    37  
    3834    >>> ferritin.descritpion = u"Ferritin sequence" 
    3935    >>> ferritin.sequence = u"CMSPDQWDKEAAQYDAHAQEFEKKSHRNNGTPEADQYRHMASQYQAMAQKLKAIANQLKKGSETCR" 
    … …  
    9389    >>> seqr_ann = pred_tool('FakePredictor', ferritin, store=False) 
    9490    >>> seqr_ann 
    95     <SeqRecord at > 
     91    <SeqRecord at ferritin> 
    9692    >>> seqr_ann.seqrecord 
    9793    SeqRecord(seq=Seq('CMSPDQWDKEAAQYDAHAQEFEKKSHRNNGTPEADQYRHMASQYQAMAQKLKAI... 

  • plone4bio.base/trunk/src/plone4bio/base/content/seqrecord.py

    r171 r181  
    106106    features = [] # TODO 
    107107    dbxrefs = [] # TODO 
     108     
     109    def __init__(self, *args, **kw): 
     110        super(SeqRecord, self).__init__(*args, **kw) 
     111        if 'seqrecord' in kw: 
     112            seqr = kw['seqrecord'] 
     113            self.setId(seqr.id) 
     114            self.setSequence(str(seqr.seq)) 
     115            self.setAlphabet(str(seqr.seq.alphabet.__class__)) 
     116            self.setTitle(seqr.name) 
     117            self.setDescription(seqr.description) 
     118            self.annotations = seqr.annotations 
     119            self.features = seqr.features 
     120            self.dbxrefs = seqr.dbxrefs 
    108121 
    109122    def Accession(self): 
    … …  
    143156    @property 
    144157    def seqrecord(self): 
    145         self.getSeqRecord() 
     158        return self.getSeqRecord() 
    146159 
    147160    def alphabetClass(self): 

  • plone4bio.base/trunk/src/plone4bio/base/predictor.py

    r171 r181  
    145145                return obj 
    146146            else: 
    147                 return SeqRecord(title=newseqr.name, seqrecord=newseqr) 
     147                return SeqRecord(newseqr.id, title=newseqr.name, seqrecord=newseqr) 
    148148        else: 
    149149            newseqr = self._v_predictor.run(obj, *argv[0], **argv[1])